Ο Χειρουργός Εμμανουήλ Ζαχαράκης γεννήθηκε στη Θεσσαλονίκη το 1972. Το 1989 εγγράφηκε στην Ιατρική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης με τη διαδικασία των Πανελλαδικών εξετάσεων, από την οποία και αποφοίτησε το 1995.
Κατά τη διάρκεια της ειδικότητας, του χορηγήθηκε εκπαιδευτική άδεια από το Υπουργείο Υγείας για τη μετάβασή του σε Νοσοκομείο του Εξωτερικού. Έτσι, το 2004 εργάστηκε σε έμμισθη θέση ως ειδικευόμενος Γενικής Χειρουργικής στο Νοσοκομείο Royal Berkshire Hospital, στο Reading της Μ. Βρετανίας, όπου ειδικεύτηκε στη Χειρουργική Ενδοκρινών Αδένων και ειδικότερα στις παθήσεις του θυρεοειδούς, των παραθυρεοειδών αδένων και των επινεφριδίων.
Μετά την ολοκλήρωση της ειδικότητάς του, ο ιατρός συνέχισε να εργάζεται στο Λονδίνο στη Μ. Βρετανία. Από το 2006, εργάστηκε ως Επιμελητής (Senior Registrar) σε έμμισθη θέση στο Νοσοκομείο St Mary’s Hospital, όπου και εξειδικεύτηκε αρχικά στη Λαπαροσκοπική χειρουργική και Χειρουργική του Παχέος Εντέρου και Ορθού (Laparoscopic Fellowship in General & Colorectal Surgery) και κατόπιν στην προηγμένη Λαπαροσκοπική Χειρουργική και Χειρουργική του Ανωτέρου Πεπτικού (Fellowship in Advanced Laparoscopic & Upper Gastrointestinal Surgery).
Τον Ιούνιο 2007, μεσολάβησε η αναγόρευσή του ως Διδάκτορα του Α.Π.Θ. με βαθμό «Άριστα» και θέμα Διδακτορικής Διατριβής: «Η επίδραση του Ινσουλινοειδή Αυξητικού Παράγοντα τύπου Ι στην επούλωση των αναστομώσεων του παχέος εντέρου, σε επίμυες υπό χημειοθεραπεία με 5-φθοριοουρακίλη».
Τον Νοέμβριο 2007 και σε ηλικία 35 ετών, γίνεται Διευθυντής Χειρουργικού Τμήματος (Consultant in General & Upper Gastrointestinal Surgery) σε έμμισθη θέση στο Νοσοκομείο St Mary’s Hospital, στους τομείς της Γενικής Χειρουργικής και Χειρουργικής του Οισοφάγου-Στομάχου. Από τον Δεκέμβριο 2008, συνέχισε να εργάζεται ως Διευθυντής Χειρουργικού Τμήματος (Consultant in General & Hepato-Pancreato-Biliary Surgery) σε έμμισθη θέση στο Νοσοκομείο Hammersmith Hospital και τη διεθνώς αναγνωρισμένη Πανεπιστημιακή Κλινική ‘Hπατος-Χοληφόρων-Παγκρέατος.
Τον Σεπτέμβριο 2009, εξελέγη Επίκουρος Καθηγητής & Διευθυντής Χειρουργικού Τμήματος (Senior Lecturer & Consultant in General & Upper Gastrointestinal Surgery) στο Πανεπιστήμιο Imperial College του Λονδίνου και στο Νοσοκομείο St Mary’s Hospital, στους τομείς της Γενικής Χειρουργικής και Χειρουργικής του Ανωτέρου Πεπτικού με έμφαση στη ριζική χειρουργική του Οισοφαγο-Γαστρικού καρκίνου και την Προηγμένη Λαπαροσκοπική Χειρουργική.
Μεσολάβησε εκπαιδευτική άδεια από το Πανεπιστήμιο Imperial College London, προκειμένου να μεταβεί στο Νοσοκομείο St Janz Hospital, στην Bruges του Βελγίου, όπου και εξειδικεύτηκε στη Λαπαροσκοπική Χειρουργική της Παχυσαρκίας. Έτσι, από τον Ιανουάριο 2011, παράλληλα με την κύρια απασχόλησή του στο Νοσοκομείο St Mary’s Hospital, πραγματοποιούσε και επεμβάσεις παχυσαρκίας στο Νοσοκομείο Charing Cross Hospital του ιδίου Trust ανά τακτά χρονικά διαστήματα.
Από τον Μάιο 2012 και μέχρι την επιστροφή του στην Ελλάδα, συνέχισε να εργάζεται ως Διευθυντής Χειρουργικού Τμήματος (Consultant in General and HPB Surgery) στο Νοσοκομείο Hammersmith Hospital του Imperial College NHS Trust, στους τομείς της Χειρουργικής ‘Hπατος-Χοληφόρων-Παγκρέατος.
Ο ιατρός, κατά τη διάρκεια της εργασίας του στη Μ. Βρετανία, πραγματοποίησε πάνω από 3.500 ανοιχτές και λαπαροσκοπικές επεμβάσεις ποικίλης βαρύτητας. Οι περισσότερες αφορούν την Ογκολογική Χειρουργική Οισοφάγου/Στομάχου, Ήπατος/Χοληφόρων/Παγκρέατος, Παχέος εντέρου/Ορθού, καθώς και τη λαπαροσκοπική Γενική Χειρουργική και Χειρουργική της Παχυσαρκίας.
Ο κ. Ζαχαράκης έχει δημοσιεύσει πάνω από 90 επιστημονικές εργασίες σε πάνω από 40 διεθνή περιοδικά και ειναι κριτής εργασιών (reviewer) και μέλος της συντακτικής ομάδας (editorial board member) σε πολλά από αυτά. Τέλος, έχει επίσημα διακριθεί από το Πανεπιστήμιο Imperial College London για τη συμμετοχή του στην εκπαίδευση των ειδικευομένων χειρουργών του Δυτικού Λονδίνου, στα πλαίσια του σχετικού εκπαιδευτικού προγράμματος όπου έφερε την ευθύνη για τη διδασκαλία ανοιχτών και λαπαροσκοπικών χειρουργικών τεχνικών ανωτέρου πεπτικού.
Από το 2013, ο ιατρός ζει και εργάζεται μόνιμα στην Ελλάδα.